畜禽粪便集中处理场或有机肥生产企业将会采用专用车辆到各个养殖场定时回收畜禽粪便，以免对道路路面形成二次污染，将回收的畜禽粪便直接进入发酵区。经过一次发酵、二次陈化堆放。
通用粉状有机肥加工设备加工生产有机肥工艺流程
有机肥通用生产工艺流程为：有机肥原料(动物粪便、生活垃圾、枯枝烂叶、沼渣、废弃菌种等)发酵后进入半湿物料粉碎机进行粉碎，然后加入氮磷钾等元素(纯氮、五氧化二磷、氯化钾、氯化铵等)使所含矿物元素达到所需标准，然后有搅拌机进行搅拌，再进入造粒机制颗粒，出来后烘干，通过筛分机筛分，合格产品进行包装，不合格的返回造粒机进行造粒。 其中，原料的细度的合理搭配对于有机肥生产工艺流程至关重要。原料细度越高，粘性就越好，造粒后的颗粒表面光洁度也就越高。但是在生产过程中，超比例的高细度材料的使用，易出现因粘性过好造成颗粒过大，颗粒不规则等问题。
有机肥，以牲畜粪便、生活垃圾、植物秸秆为主要原料，这种有机肥生产工艺流程大致为：原料干燥→粉碎→发酵→调配(与化肥及其他有机-无机物质混合，使氮+磷+钾含量≥4%，有机质≥30%)。
秸秆有机肥生产线设备加工有机肥工艺流程
作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、 Ca、s等。饼肥：菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。泥肥：未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。例如原材料为腐植酸或草炭，这种有机肥生产工艺里就没有发酵，可不必发酵，其余步骤同上。 有机肥生产工艺流程与有机肥生产线设备配置息息相关，一般有机肥生产线成套设备主要由发酵系统、干燥系统、除臭除尘系统、粉碎系统、配料系统、混合系统、造粒系统、筛分系统和成品包装系统组成。
有机肥生产线设备配置的建设规模一般为年产5000吨——10万吨。要综合考虑当地的资源、市场容量，市场覆盖情况。一投资规模及产品方案设计需要根据以下条件制订：原料资源特点，当地土壤条件，当地种植结构与主要作物品种，综合考虑当地的资源、市场容量，市场覆盖半径。