有机肥内在品质做得好坏主要看发酵部分及产品的配方，发酵部分的关键因素有：微生物、碳氮比、碳磷比，水分，PH值、曝气控制，如果一种因素控制不好就会影响发酵，要么不发酵，要么发酵不完全，要么发酵时间长，其有机—无机复合肥产品配方和无机肥一样也要根据不同的土壤，不同的作物配方也有差别，如果发酵充分配方得当，效果比无机肥还好，造价也低，还能改良植物生存的环境，并且为绿色肥料。

    有机肥设备和无机肥设备不同，有机肥设备主要分两部分，发酵部分和生产造粒部分。其中生产造粒部分和无机肥部分也有很大的区别，因为有机原料和无机原料不同，无机原料的生产可根据原料的配方主要是化学反应，如果配方得当，操作熟练，成球率很高，生产也比较容易，而有机肥原料即便是发酵比较好，造粒也比较困难，因为有机原料的特点是原料比较轻、粗糙、粘结率比较低，各种有机原料又有不同的特点，因此选设备时，应特别慎重，不然不但会影响产量，而且造出的产品外表还不美观。选设备时要注意几点：年产量、何种有机原料、何种发酵方式、机械化程度，是选设备的关键因素。总之有机肥生产是比较复杂的工序，但风险比较小，如果各方面成熟也能给企业带来丰厚的利润！

高品质有机肥生产必须经过两个阶段：好氧发酵阶段和厌氧发酵阶段
    好氧发酵是有机肥生产的初始阶段，主要通过5天以上55℃-70℃的高温作用降低生产原料（畜禽粪便、有机物料）的水分、消除恶臭、杀灭病原菌、蛔虫卵等有害生物、杀死杂草种子，通过好氧微生物的活动初步分解纤维、蛋白质、多糖等大分子有机物。
    通过好氧发酵阶段肥料在生理生化指标上已经达到国标要求，法律上可以上市销售，但还不是真正的有机肥料，要成为真正的有机肥料还必须经过厌氧发酵过程。